A configuração principal dos módulos EDI normalmente gira em torno de três áreas: interoperabilidade de comunicação, processamento de dados e colaboração empresarial. Isso garante uma troca estável e precisa de dados de negócios entre diferentes sistemas empresariais. Na prática, essas configurações geralmente são concluídas dentro de uma plataforma de integração ou middleware e customizadas de acordo com as necessidades dos diferentes parceiros.
A configuração da camada de comunicação concentra-se na definição do método de interoperabilidade e dos parâmetros de segurança, como o uso de protocolos de transmissão como redes AS2, SFTP ou VAN. Também requer a configuração das informações de identificação (ID do parceiro), certificados, métodos de criptografia e regras de assinatura de ambas as partes em comunicação para garantir a segurança e integridade dos dados durante a transmissão. Além disso, as configurações da fila de mensagens, os mecanismos de nova tentativa e as regras de tempo limite também se enquadram nesta seção, usada para melhorar a confiabilidade da transmissão.
A configuração de dados e negócios inclui principalmente definições de tipo de mensagem, regras de mapeamento de campo e regras de conversão de formato. As estruturas de dados geralmente diferem entre empresas, portanto, são necessárias configurações de mapeamento para mapear campos do sistema interno para campos padrão EDI. As regras de acionamento de negócios também são configuradas, como geração de pedidos, feedback de remessa ou ciclos de reconciliação, permitindo que a troca de dados EDI seja incorporada em processos de negócios específicos.